Documentele atestă, că raionul nostru a fost fondat la 26 mai 1941 cu denumirea de  raionul Bulboaca și centrul  administrativ în satul Bulboaca. Până la 16 octombrie 1949 unitatea administrativ-teritorială se regasea în componența județului Bender, iar după lichidarea acestuia trece în gestiune republicană. La 1 aprilie 1963 centrul raional se transferă în localitatea  Anenii Noi, redenumit in raionul Anenii Noi..

Prin acea perioadă teritoriul Moldovei deseori era supus împărțirii în diferite subdiviziuni. Astfel, de la 31 ianuarie 1952 până la 15 iunie 1953 raionul face parte din componența  județului Tiraspol, iar după desființarea  lui — trece iarăși în gestiune republicană. La 9 ianuarie 1956 la raionul Bulboaca se alipesc o parte din localitățile raioanelor Vadul-lui-Vodă și Chișinău, iar ulterior aceste teritorii trec în subordinea altor raioane. Raionul continuă să-și largească hotarele grație reformelor teritoriale, care au dus la comasarea unor subdiviziuni administrative. Astfel,  la  31 octombrie 1957 la raionul Bulboaca se alătură o parte din satele raionului Cainari, iar la 30 martie 1962  include și unele localități din raioanele  Criuleni și Bender. La 27 decembrie 1966 raionul Criuleni este restabilit ca unitate administrativ-teritorială și o parte din localităti revin în componența lui.

La 1 aprilie 1963 raionul Bulboaca este redenumit în raionul Anenii Noi cu reședința în orașul cu denumire omonimă Anenii Noi. În perioada 1999-2002, în urma reformei administrativ-teritoriale, raionul este parte a județului Chișinău cu centrul administrativ la Ialoveni. După lichidarea județelor, raionul iarăși devine unitate  publică  autonomă.

În prezent raionul Anenii Noi are 45 localități: 1 oraș, 11 comune și 33 sate. În structura teritorial-administrativă sunt 26 de primării.